Футбольный клуб «Истра» был основан в 1997 году. Администрацией Истринского района и руководством ОАО ПСО-13, возглавляемым Юрием Воротниным, было принято решение возродить футбольную команду, которая еще в советские времена участвовала в первенстве среди коллективов КФК. Тогда главной задачей клуба, как, впрочем, и сейчас, являлось достойное представление города Истры и Истринского района в целом в футбольных состязаниях разного уровня.
Команду образца 1997 года собирали в основном из лучших игроков Истринского района. играющим тренером команды в то время был Владимир Антипов, который в настоящее время возглавляет команду.
В первый же год своего существования команда произвела фурор среди опытных участников Первенства Московской области и заняла почетное второе место в турнире. Главной звездой той команды был Олег Лихобабин – известный в то время футболист, имеющий опыт выступления за крепкие коллективы первого и второго дивизионов. Стоит отметить, что Олег помогал не только в становлении команды, но и принимал активное участие в становлении ФК «Истра».
На следующий год потенциал и результаты команды заметно усилились, и главным образом засчет приглашения на тренерский пост известного в прошлом нападающего московского ЦСКА и алматинского «Кайрата» 70-80 годов Геннадия Штромбергера. После завершения карьеры действующего игрока Геннадий Юрьевич работал помощником главного тренера в ЦСКА и ЦСКА-2, а также являлся начальником армейской команды. Приняв «Истру», Геннадий Штромбергер пригласил в команду нескольких опытных игроков из Москвы. Игра «Истры» под началом опытного специалиста сразу же преобразилась, и в первый же сезон клуб выиграл все турниры, в которых участвовал – занял первое место в Чемпионате области и стал обладателем Кубка!
Успех «Истры» в 1998 году позволил ей на следующий сезон стартовать в турнире рангом выше – в Первенстве России среди команд ЛФК. С тех пор прошло десять лет, и «Истра» из робкого дебютанта превратилась в опытного турнирного бойца. Если в 1999 году команда заняла 14 место в турнирной таблице, то после этого ни разу ниже четвертого места не опускалась. При этом в команде в разные годы выступало немало ярких футболистов, которые своей игрой помогли «Истре» столько лет находиться в группе лидеров. Это и известный полузащитник подмосковных Химок Роман Широков, и Алексей Щепинов возглавивший ФК «Фортуна» в 2007 году, а также Алексей Чекалин, Андрей Акименко и Алексей Гончаров, прошедшие школу первого и второго дивизионов Чемпионата России. В последние два года, как известно, «Истра» финишировала на второй и третьей позициях, а в 2007 году заняла первое место в Первенстве России среди ЛФК, сумев прорваться во второй дивизион. Впрочем, вполне очевидно, что это не предел для нынешней команды. Перед началом текущего сезона тренерским составом была проведена обширная селекционная работа.
Руководство клуба не торопит тренерский состав и не строит наполеоновских планов. Основной своей задачей руководство «Истры» считает развитие и воспитание собственных талантов. С этой целью Администрация Истринского района и генеральный спонсор клуба ОАО ПСО-13 инициировали строительство большого спортивного комплекса, включающего в себя футбольный стадион на три тысячи мест. Официальное открытие стадиона планируется в августе текущего года. Для подготовки резерва создан фарм-клуб "Истра-2".