Футбольный клуб «Елец» был основан в 1998 году.
В чемпионатах России начал выступления в 1998 году в первенстве коллективов физкультуры. В 1999 году выиграл зональное первенство КФК и вышел во вторую лигу.
В профессиональный футбол клуб вывели местные игроки под руководством Николая Волкова. Однако в новом сезоне для укрепления состава был взят в аренду воспитанник елецкого футбола Александр Лутовинов, не попадавший в состав липецкого «Металлурга», а также приглашены Георгий Гюрджиян, Владимир Дьяков, Игорь Чернавский и Юрий Юрьев. В год своего дебюта во второй лиге ФК «Елец» занял в зоне «Центр» 15-е место.
В 2001 году перед командой были поставлены более серьезные задачи, чем сохранение места во втором дивизионе. Помимо десанта из Липецка в лице Игоря Малахова (впрочем, так и не сыгравшего ни одного матча) и братьев Павла и Михаила Носиковых, главный тренер Николай Волков стал подпускать к основному составу молодых местных воспитанников. Именно в этом сезоне впервые ярко сверкнула звезда форварда Дениса Жуковского, с 12 голами ставшего девятым бомбардиром зоны «Центр». Но, к сожалению болельщиков, партнеры не поддержали голевой порыв нападающего, забив на всех лишь 24 мяча. В итоге ФК «Елец», как и год назад, занял 15-ю строчку в турнирной таблице. В середине сезона произошло знаковое событие – в Елец был приглашен один из самых титулованных тренеров российского футбола Игорь Семенович Волчок. Этот, безусловно, знающий свое дело тренер, что называется, поставил командную игру. Кроме того, Игорь Семенович стал давать молодым игрокам возможность проявить себя. Приятным событием сезона стало появление в воротах команды 16-летнего Александра Невокшонова, который был призван заменить ушедшего в новомосковский «Дон» Валерия Попова и неуверенно проводящего сезон Сергея Гурова. Патриарх тренерского цеха понемногу стал подпускать Невокшонова к основе, но после нескольких не совсем удачных матчей место в воротах вновь занял Гуров, который и провел большую часть сезона в основе.
В сезон-2002 команда входила с уверенностью в своих силах. Опасения вызывал лишь последний рубеж обороны – вратарская линия, однако Игорь Семенович заявил, что за эту позицию он спокоен. Как оказалось, зря – слишком много очков в первом круге команда потеряла по вине Сергея Гурова. На предсезонных сборах в «Ельце» на просмотре находился вратарь из дубля липецкого «Металлурга» Игорь Малахов, но Волчок объявил, что его в команде нет будет. Но ни Гуров, ни приглашенный из шахтинского «Шахтера» 20-летний Алексей Новожилов (так ни одного матча не сыгравший и благополучно отбывший в «Ростсельмаш»), ни 18-летние местные воспитанники Владимир Кондаков и Александр Невокшонов не смогли закрыть эту линию. Игорь Семенович с самого начала своей работы в клубе говорил, что необходимо наладить связи с липецким «Металлургом»: «Мы представляем одну область и должны держаться вместе. » После ряда неудачных матчей из команды некоторым местным игрокам – Должникову, Логвинову, Чурляеву, Каминскому, Голубеву было предложено искать новое место работы. Взамен были приглашены футболисты из дубля липецкого «Металлурга» - братья Носиковы, Антон Середа, Дмитрий Коваленко, Андрей Пещеров (долгое время выступавший за елецкие команды), а также Артема Зизюкина и Антона Дубинина из «Ростсельмаша» и «Спартака-КТГ» соответсвенно. В ответ на такие меры руководства клуба в «Липецкой спортивной газете» было опубликовано открытое письмо болельщиков «Ельца». «Не оставляйте после себя выжженную землю», - просили болельщики. Игорь Семенович оставался невозмутим и никак не реагировал на крики с трибун, а прокомментировал сложившуюся ситуацию в той же «ЛСГ»: «Пришедшие ребята – не временщики». И действительно, команда заиграла так, как никогда раньше – дома со счетом 5:3 был повержен подольский «Витязь», шедший на втором месте. Пришедшие игроки на деле доказали свою состоятельность.
Пожалуй, самым курьезным событием сезона стал гол вратаря «Ельца» Сергея Гурова реутовскому «Титану». Гол, забитый им со своей половины поля, сразу стал притчей во языцех среди елецких болельщиков.
Сезон команда закончила на 9-м месте. Такого высокого результата ФК «Елец» еще не добивался. И этот результат был, прежде всего, заслугой главного тренера ельчан.
Однако в 2003-м году, проведя предсезонную подготовку, Волчок уехал в Узбекистан – тренировать «Навбахор» из Намангана, с которым он в прошлом уже работал.
В Ельце были озабочены не столько дальнейшей подготовкой к сезону, сколько поисками главного тренера. Им стал недавно закончивший карьеру игрока Юрий Адоньев. Болельщики были настроены скептически, однако команда своей игрой доказала, что ей по силам вновь попасть в десятку. На старте сезона был на выезде обыгран – 3:0 – довольно крепкий орешек – егорьевский «Космос» (справедливости ради отметим, что все голы были забиты на последних минутах). Затем последовало минимальное поражение от команды из подмосковного Орехово-Зуево. В игре ельчан наметилась тенденция – хорошо проводить домашние игры, а выездные иногда просто проваливать.
Новые лица, появившиеся в ФК «Елец» в сезоне-2003, - липчанин Игорь Малахов, в прошлом сезоне защищавший ворота «Жемчужины» из Буденновска, а также взятые в аренду у лискинского «Локомотива» Дмитрий Климов и Евгений Овсянников. Игорь уже был на сборах с ФК «Елец», когда тренером был Волчок, но не подошел команде. Безусловно, он один из лучших голкиперов, выступавших за «Елец» за все время его существования. Однако и у него бывают не слишком удачные игры. Климов сыграл только три матча. Евгений Овсянников удачно вписался в команду и стал одним из основных форвардов команды. Но главной неожиданностью стала игра Кирилла Красова. Нападающий не очень уверенно начал сезон. Забив в 4-м туре, он надолго ушел в тень. Лишь 24 июня он отличился снова, сделав дубль в игре с «Металлургом» из Выксы. А затем последовали голы в ворота калужского «Локомотива», пензенского «Зенита», покер в матче с «Биохимиком-Мордовия». В итоге ко второму кругу Кирилл подошел в ранге одного из лучших бомбардиров зоны «Центр». Однако обидная травма, полученная им в матче чемпионата, не позволила Красову продолжить свою голевую серию.
Потерпев на финише первого круга чемпионата гостевые поражения от фаворитов - брянского "Динамо" и "Орла", "Елец" отыгрался на Подмосковье: дома повержены "Космос" и "Знамя Труда". Вояж в Подольск принес нашей команде всего лишь одно очко. Ельчане теперь разрывались на два фронта - неприятная традиция проигрышей в первом же матче Кубка России была прервана - обыграны новомосковский "Дон" и калужский "Локомотив". В матче 1/64 финала с белгородским "Салютом-Энергией" неожиданно снова был достигнут благоприятный результат, правда, в серии послематчевых пенальти. На матч 1/32 финала Кубка в "Елец" пожаловал луховицкий "Спартак". Победа в этом матче открывала перед командами неплохие финансовые перспективы, ведь на стадии 1/16 финала в борьбу вступают клубы первого дивизиона и Премьер-лиги. В жесткой борьбе "Елец" вырвал победу - 1:0. Но соперников после кубковой ждала еще одна встреча, теперь уже в рамках чемпионата. Спартаковцы были намерены взять реванш за поражение пятидневной давности, однако ельчане снова выиграли - 1:0. В драматичном матче точку поставил вышедший на замену Артем Ходов. Страсти к концу игры накалились до предела, что привело к драке футболистов обеих команд. У гостей отличился Васкес, а у нас - Максим Крестененко, которому бросился помогать уже замененный Красов. Итог - обоюдное удаление.
7 сентября "Елец" получил звонкую оплеуху в Энгельсе, проиграв 2:5 местной "Искре". Тем временем стало известно, что соперником нашего клуба в 1/16 финала Кубка России будет московский ЦСКА. К матчу с армейцами "Елец" подошел не в лучшем настроении. Особенно огорчила болельщиков домашняя игра с калужским "Локомотивом", когда наши футболисты не создали ни единого момента для взятия ворот соперника.
Однако на матч с лидером Высшей лиги ельчане вышли как на главный матч в своей карьере (а это и было так). И гол Евгения Овсянникова вошел в историю клуба как самое яркое событие. Также запомнились бесчинства армейских фанатов, из-за которых арбитр Гвардис остановил игру на несколько минут, кадры этих беспорядков разлетелись по всей России. Ельчане отлично провели этот матч и довели его до сенсационой победы. В.Газзаев на послематчевой пресс-конференции сказал, что москвичи "сделали подарок соперникам на День города". В ответной встрече ельчане вновь смотрелись здорово. Основное время матча закончилось с устраивающим их счетом 2:1 в пользу ЦСКА, но безобразное судейство Лапочкина и невероятный фарт хозяев поля привели к третьему голу в ворота Игоря Малахова, который проводил свой лучший сезон в карьере. 2:3 - с таким счетом середняк второй лиги проиграл будущему чемпиону России.
Сезон команда в итоге завершила на десятом месте, а лучшим игроком стал Игорь Малахов.