Инициатором создания и владельцем футбольного клуба «Краснодар» является известный российский бизнесмен Сергей Николаевич Галицкий. В феврале 2008 года ФК «Краснодар» успешно прошел процедуру лицензирования в ПФЛ, получил профессиональный статус и стартовал в зоне «Юг» второго дивизиона. Росгосстрах первенства России.

Для работы с командой был приглашен 38-летний московский специалист Владимир Волчек. Под его руководством «Краснодар», основу которого составляли молодые игроки, завершил первый круг на 5-м месте, набрав 30 очков. 

В августе руководство клуба решило расторгнуть контракт с Волчеком. На тренерском мостике клуба его сменил тандем, состоящий из спортивного директора Сергея Вахрушева и начальника команды Нурбия Хакунова. Последний стал параллельно исполнять обязанности главного тренера ФК «Краснодар».

Во время летнего трансферного окна клуб укрепил состав несколькими футболистами, и под руководством обновленного тренерского штаба вышел на новый качественный уровень игры. Мощный финишный рывок (9 побед в 10-ти последних матчах) позволил «Краснодару» обойти волгоградскую «Олимпию» и завершить турнир на третьем месте.

Таким образом, в свой дебютный сезон команда завоевала свои первые в истории награды - бронзовые. Кроме того, ФК «Краснодар» разделил первое место по количеству очков, набранных на выезде (34), с победителем турнира в зоне «Юг» - астраханским «Волгарем-Газпромом».

В январе 2009 года ряд клубов отказался от участия в турнире первого дивизиона по финансовым причинам. ФК «Краснодар», как коллектив, занявший призовое место в одной из зон второго дивизиона, получил от ПФЛ предложение занять вакантное место и принял его. Клуб прошел аттестацию с первой попытки и был допущен к участию в соревнованиях в первом российском дивизионе.

В настоящее время клуб активно занимается созданием инфраструктуры, которая станет базисом для дальнейшего развития. 5 мая 2008 года футболисты «Краснодара» въехали на учебно-тренировочную базу «Четук», где созданы все условия для полноценного тренировочного процесса и проживания. Уже сейчас эта база является одной из лучших в стране, а в недалеком будущем, когда все строительные работы будут окончательно завершены, ее смело можно будет назвать одной из лучших в Восточной Европе.

В апреле 2008 года открылся Центр подготовки резерва, в котором на данный момент под руководством квалифицированных специалистов занимаются мальчишки шести возрастов из всех уголков Краснодарского края и других регионов нашей страны.

В ноябре 2008 года сформирована молодежная команда ФК «Краснодар». В ней собраны талантливые ребята от 16 до 18 лет, которые в ближайшее время могут пополнить клубную «основу». «Молодежка» приняла участие в традиционном зимнем турнире города Краснодара и сходу заняла высокое четвертое место в высшей лиге.

В планах клуба - строительство собственного современного футбольного стадиона, который будет отвечать всем международным стандартам.

ФК «КРАСНОДАР» В СЕЗОНЕ-2008

Итоговое место - 3-е.

Дома: 17 игр, 12 побед, 2 ничьих, 3 поражения, разница мячей 36-12, 38 очков.

На выезде: 17 игр, 10 побед, 4 ничьих, 3 поражения, разница мячей 24-11, 34 очка.

Всего: 34 игры, 22 победы, 6 ничьих, 6 поражений, разница мячей 60-23, 72 очка.

Первый официальный матч и первое набранное очко: 

12 апреля 2008 года. г. Таганрог. Стадион «Торпедо», «НИКА» (Красный Сулин) - «Краснодар» - 0:0 (0:0).

Первая победа в официальном матче:

16 апреля 2008 года, Сочи, стадион «ФГУП Юг-Спорт». Кубок России 2008-2009 гг. 1/512 финала. «Жемчужина-Сочи» - «Краснодар» - 0:1 (0:0). 

Первая крупная победа в официальном матче:

19 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд». «Краснодар» - «Автодор» (Владикавказ) - 3:0 (1:0). 

Самая крупная победа в официальном матче:

10 июля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд», «Краснодар» - «Сочи-04» - 5:0 (5:0).

Первый гол в официальных матчах:

16 апреля 2008 года, Сочи, стадион «ФГУП Юг-Спорт». Кубок России 2008-2009 гг. 1/512 финала. «Жемчужина-Сочи» - «Краснодар» - 0:1 (0:0). Денис Дорожкин, 66 минута.

Первый дубль в официальных матчах:

19 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд». «Краснодар» - «Автодор» (Владикавказ) - 3:0 (1:0). Денис Дорожкин, 48 и 71 минуты.

Первый хет-трик в официальных матчах:

30 апреля 2008 года, Краснодар, стадион «Труд», «Краснодар» - «Астрахань» - 5:1 (2:0). Андрей Гацко - 17, 55 и 65 минуты. Еще одним хет-триком отметился 3 июня в Каспийске Артем Куликов в матче «Дагдизель» - «Краснодар» - 0:3.

50-й гол в официальных матчах:

16 сентября 2008 года, Таганрог, стадион «Торпедо». «Таганрог» - «Краснодар» - 0:2 (0:0). Александр Нечаев, 38 минута.

Лучший бомбардир клуба в сезоне - Денис Дорожкин (14 голов).

Больше всего игр в сезоне-2008 провел Андрей Гуськов - 37.