История футбольного клуба «Нижний Новгород» насчитывает всего несколько лет. В январе 2007 года на базе любительской команды «Тэлма-Водник», выступавшей до этого в чемпионате Нижегородской области, был создан новый клуб под названием ФК «Нижний Новгород». 11 мая 2007 года нижегородский клуб «Волга» и ФК «Нижний Новгород» заключили договор о совместной деятельности сроком на один сезон. Команда была переименована в «Нижний Новгород-Волга-Д», а игроки «Волги» Дмитрий Айдов, Максим Васильев, Андрей Буйволов, Эдуард Учуров, Санал Гаврилов, Сергей Синяев, Дмитрий Логинов, Юрий Дорошенко, Андрей Попов и другие могли помогать нашей команде выходить во второй дивизион. ФК «Нижний Новгород» неплохо провел сезон и занял в первенстве МФС «Приволжье» третье призовое место.

Новым главным тренером клуба в декабре 2007 года был назначен известный в прошлом футболист, игрок сборных СССР, СНГ и России — Дмитрий Кузнецов. Однако уже в феврале 2008 года Дмитрия Кузнецова на этом посту сменил другой молодой тренер, также участник чемпионата мира 1994 года, Илья Цымбаларь.

Предыдущие названия: «Волга-Водник», «Сельпром-Водник», «Локомотив-Водник», «Водник», «Тэлма-Водник», «Спартак-Магистраль» и «Нижний Новгород-Волга-Д». В 2006 году команда выступала под названием «Спартак-Магистраль» и была дублем нижегородского «Спартака».

В феврале 2008 года ФК «Нижний Новгород» прошел процедуру аттестации в ПФЛ и был включен в состав участников первенства России среди команд второго дивизиона. Руководство клуба вновь поставило высокую задачу - войти в тройку сильнейших команд зоны «Урал-Поволжье». Сезон «горожане» начали под руководством Ильи Цымбаларя, в прошлом известного футболиста московского «Спартака» и сборной России. В команду была приглашена большая группа футболистов, имеющих опыт выступления в клубах премьер-лиги и первого дивизиона. Но старт нижегородцев в первенстве вряд ли можно назвать успешным: яркие победы чередовались с досадными поражениями. В июне Илья Цымбаларь по семейным обстоятельствам покинул команду. А на пост главного тренера был приглашен хорошо известный по работе с Дзержинским «Химиком» Салават Галеев. Новому наставнику удалось стабилизировать игру команды, а рекордная серия из девяти побед подряд вывела ФК «Нижний Новгород» на вторую строчку в таблице.

После этого в клуб, решив семейные проблемы, вернулся Илья Цымбаларь. Работая в тандеме, Галеев и Цымбаларь смогли решить поставленную задачу на сезон - войти в тройку сильнейших.

Из-за финансового кризиса ряд клубов не смогли принять участие в турнире Первой лиги. Руководство Профессиональной футбольной лиги в официальном письме сделало предложение нашему клубу участвовать во втором по значимости дивизионе России. Мэр Нижнего Новгорода и почетный президент команды Вадим Евгеньевич Булавинов дал финансовые гарантии и ФК "Нижний Новгород" заявился в первый дивизион Чемпионата страны.