С 1946 года футбол в Хабаровске неразрывно связан с армейской командой. Менялись названия и турниры - ведомственная принадлежность не менялась никогда. До 1953 года команда называлась «ДКА». В 1954-м - «ОДО». С 1955 по  1956 год - «ДО». В 1957 году - «ОСК». Затем - «СКВО». Дольше всего, с 1960 по 1999 гг. команда называлась СКА. Летом 1999 года клуб приобрел свое нынешнее название - «СКА - Энергия».

      Традиционные цвета команды - красно-сине-белые. Домашние матчи «СКА - Энергия» проводит на стадионе имени Ленина, одном из самых посещаемых стадионов первого дивизиона.

      Дебютировала команда в первенствах страны в 1946 году (в третьей зоне дальневосточной группы).

      С 1957 года хабаровский клуб - неизменный участник первенства Советского Союза. В сезоне-57 команда заняла первое место в зоне. На следующий сезон - снова триумф. На этот раз победители зон класса «Б» допускались к финальным играм, где боролись за повышение в классе. Однако, на турнире, который проходил в Тбилиси, армейцы занимают лишь шестое место.

      По итогам сезона-65, несмотря на то, что хабаровчане заняли лишь четвертое место в зоне, СКА был включен во вторую группу класса «А», где выступал до 1969 года.

      В сезоне 1970 года дальневосточники дебютировали в первой группе класса «А». Но дебют оказался неудачным - 21 место и возвращение во вторую лигу. Следующее свидание с первой лигой состоялось в 1980 году. Дальневосточная дружина в том сезоне выступила довольно удачно и финишировала на шестом месте. Это лучший результат клуба в первенствах Советского Союза. Главным тренером команды тогда был Борис Семенов. За это достижение ему было присвоено звание «Заслуженный тренер РСФСР».

      По итогам сезона-86 СКА покинул первую лигу, и долгие годы выступал рангом ниже. К концу 90-х армейцы Хабаровска выдвинулись на лидирующие позиции в своей зоне. Долгое время, однако, выйти в первый дивизион никак не удавалось. Наконец, в 2001 году «СКА - Энергия» победила в зоне «Восток». А в стыковых матчах переиграла победителя зоны «Урал» - «Уралмаш» (Екатеринбург) и повышение в классе состоялось. Большой вклад в решение этой задачи внесли президент клуба Виктор Озеров и главный тренер Олег Смолянинов.

      В первом дивизионе среди более опытных и мастеровитых команд «СКА - Энергия» не затерялась. В сезоне- 2004  команда заняла седьмое место, а в 2006 году - пятое.